Jakmile řešitel dokončí, zkontroluje a podá projekt na fakultu, zapojí se do procesu podávání projektů i stupeň děkanátu, resp. rektorátu příslušné VŠ. Rektorát je současně ve stejném postavení vůči celoškolským pracovištím jako děkanát vůči fakultě a jejím katedrám či ústavům. Pracovníci pro FRVŠ na úrovni fakult mohou postupně přicházející projekty potvrzovat pro podání na školu nebo vracet řešitelům. Potvrzené projekty mohou podávat na školu. Podobně jako na fakultě i rektorátní pracovník prochází projekty podané na školu a postupně je potvrzuje, případně vrací zpět řešiteli. Stejné pravomoci, jaké má Administrativní pracovník pro FRVŠ rektorátu, má přirozeně rektor resp. prorektor pro FRVŠ. V ISAAR-F je nutné, aby nakonec již potvrzené projekty za školu v ISAAR-F zkontroloval a na ARVŠ následně podal Rektor VŠ. Jedině tato role má oprávnění projekty za školu podat. Všichni pracovníci pro FRVŠ vystupují při správě projektů v rolích, které mají vyšší oprávnění (i zodpovědnost) než řešitel. Podle jejich role se mění i nabídka možností, které mohou v ISAAR-F provádět. Před zahájením jakékoliv další práce, spojené se správou projektů, musí zvolit svoji roli pracovníka pro FRVŠ na děkanátě (fakulta) nebo rektorátě (vysoká škola). Následující obrázek ukazuje situaci z pohledu pracovníka pro FRVŠ na úrovni děkanátu.

Obrázek 2.1. Nastavení role fakulta (děkanát)